第1集
許浚的母親是其父在海島上駐紮時納的妾，雖跟隨著一起回到家鄉，但在家裏的地位十分低下。許浚也因為喜歡跟底層百姓的小孩們一起玩，被哥哥欺負。在許浚眼裏，父親是英雄般的存在，而他也希望像父親一樣能當上殺死敵寇的將領。許浚因身份甚至不能參加父親的壽宴，他也下定決心一定要讓母親為自己感到自豪。在學校裏浚的表現引起許石的嫉妒，他竟讓浚脫光衣服站在冰天雪地中
第2集
被救回的浚睜開眼睛，發現是被曾經的一位醫員所救。他的一番話讓許浚感到前所未有的溫暖。回到家後，許石因這件事狠狠地被父親責罰，而父親則把自己曾經用過的書了浚，並告訴浚要專心修學問。浚無意中跟隨者美賢來到一片樹林，發現她精通於各種草藥的名字。浚因為和美賢一起玩，晚上回到家受到夫人鞭打。
第3集
胡狼進入村落中燒殺搶掠，許浚父親率兵營救，聽到消息的許浚也偷偷跑去尋找美賢。兩人一同逃跑，但還是被蠻人抓走。節制道義大人無意中聽到，原來是許石母子設計迫害許俊。在監獄裏的許浚相信父親一定會來救自己。美賢因為暈倒被扔在路上，等許浚逃出來發現她時，美賢已經沒有了呼吸。
第4集
長大後的許浚性格大變，更被人稱作是“瘋子”。一度參與非法交易，賭博，打架。喝醉的許浚回家受到許石的嘲諷，許浚痛苦的對母親說出自己的心裏話，他認為母子倆已經被父親拋棄
第5集
許浚再次被父親召見，卻發現父親受傷在動手術，在回家的途中得知前幾日碰到的女子，是被朝廷通緝的李初辛父女。李正燦突然病重，許浚請來醫員，但醫員卻說他已經沒有脈搏了。許浚幫助多海埋葬其父，並提出讓她繼續躲一陣子。許浚在做秘密交易時，被官兵逮捕。
第6集
許浚被帶到父親面前，武官指責許父沒有教育好許浚。面對責怪自己的父親，許浚讓父親殺了自己。委托許浚做秘密交易的醫員擔心許浚會供住自己，先去武官處告狀說浚窩藏了罪犯的女兒。許浚受到嚴刑拷打，但堅持不說出多海的下落。母親的苦苦求情字字句句鞭撻著許浚和許父的心。許父深夜帶出許浚，讓他帶著自己的書信前往慶尚道
第7集
許浚堅持要帶多海一起離開，到岸的他們碰到盤問的官兵。多海發現獄車裏的人正是當初誣陷自己父親的官員，許浚安慰她這樣就可以洗脫他們的罪名，但多海說父親已經不在了，洗脫罪名也沒有意義。許浚冒險尋找想逃走的張判官，卻不料被官員因打架帶走。在監獄中的浚聽到李正燦已經恢復官職，許浚為了不連累多海，自己帶著母親離開。
第8集
許浚和母親終於到達目的地，在酒館住下後，向老板娘打聽可以謀生的方法。第二天許浚帶著父親的書信前去尋找其父的老友時，卻發現他早就辭官回鄉了。許浚的母親突然生病，在具一書的帶領下，來到柳義泰處，發現柳家到處都是病人。浚看著柳義泰和柳道知為病人診治，被他的神奇醫術折服。
第9集
許浚和母親搬到具一書家居住。鼓起勇氣的許浚找到柳義泰家，想跟隨他學習醫術。性格怪異的柳義泰竟然同意讓許浚進入柳家。柳義泰的夫人吳氏在外放高利貸被道知知道，道知讓母親停止這樣的行為。滿懷信心的許浚來到柳家，卻被安排了挑水的活。外出的許浚遇到昏倒在地的病人，正當不知如何是好時，睿珍出現用針灸治療了病人。
第10集
道知和吳氏拷問許浚是否偷了藥材，睿珍關鍵時刻出手相救，說是她讓許浚進倉庫的，並提醒許浚不要再犯類似的錯誤。吳氏派人向具一書打探許浚的消息。許浚無意中發現是付山泡偷的藥材，並在賭博現場逮個正著。許浚的母親想通過裁縫賺錢，卻發現在柳家做苦工的兒子。吳氏要將付不起醫藥費的病人都趕走，道知挽救了生命垂危的病人，讓許浚心生敬佩。
第11集
柳義泰責罵許浚打來的水不幹凈，將水潑在許浚的戀上。許浚追問到底應該用什麼樣的水，但沒人告訴他。回到家的許浚一直在回想柳義泰的話，第二天詢問睿珍水的性質。了解後的許浚開始尋找各種各樣的水，並徹夜研讀病歷。但也因為如此，被懷疑偷了貴重藥材
第12集
許浚按照吳氏的吩咐，要將重病患者送走，卻不料正好碰上柳義泰回家。道知為準備科舉考試，應對三敵大師的各種問題，被大師質問想成為怎樣的醫師，心有不甘的道知誤解了父親的用意。堅持參加考試的道知，在許浚的陪同下上了路。具一書幫助許浚弄到了護牌。許浚十分感興趣的翻看著道知的醫書。
第13集
蠻橫的士大夫因為酒家沒有房間，想趕走道知，對身份敏感的許浚十分憤怒，並拒絕讓出房間。同住一屋的士大夫想借詩歌諷刺道知，許浚一針見血指出士大夫的錯誤，讓道知刮目相看，道知提出讓許浚幫助他復習。許浚千辛萬苦想找到李正燦大人家，但仍舊沒有打聽到多喜的下落。內醫院醫官因知道道知的父親是柳義泰而將其在入圍榜單上除名。道知和許浚了解到十年前柳義泰落榜的真相，並第一次聽說九神針。
第14集
十年前柳義泰和楊禮壽九神針的比賽，比賽最終以柳義泰取得勝利而結束，道知無法接受因父親而不能進入內醫院的事實。另一方面，多喜也在到處打聽許浚的消息，無意中碰到具一書。病倒的多喜被背到柳家，睿珍施展醫術。
第15集
道知心情郁悶到酒家買醉，許浚發自肺腑的一番話企圖喚醒他。睿珍被義泰教育，要時刻註意患者的變化。道知回家告知母親自己落榜，吳氏暈倒。道知還是對父親懷恨在心，責怪父親當年的事情影響了自己今日的前途。許浚跟其他幾個學徒上山，卻被陷害讓他去險惡的峽谷采藥。
第16集
許浚在山裏迷路，不想碰上老虎，一腳踩空的他滾到山下，第二天醒來又誤食了有毒的草藥。柳義泰堅持不去楊處求情，讓道知心灰意冷。許浚母親阻止多喜與許浚見面，晚上獨自一人來到醫院找到多喜，兩人的對話被睿珍聽到。許浚被三和大師救下，知道自己上了當。多喜向睿珍告辭，並留給睿珍一枚戒指。
第17集
許浚教訓了欺騙他的同夥。道知愈加放縱自己，終日流連於妓院。睿珍告訴許浚，多喜將要離開，浚匆忙跑到河邊，只見到遠去的船只，不想多喜卻還沒有走。多喜和許浚徹夜跪在雨中，以求許母的接受。許浚和多喜舉辦了簡單的婚禮。從妓院回家的道知，再次被父親訓斥，一氣之下燒了自己所有的醫書。
第18集
多喜努力想幫助許浚減輕家庭負擔，卻還是放不下自己兩班的身份。付山泡一夥買賣牌號，被許浚發現。柳義泰認真教導重新振作起來的道知。道知看到睿珍和許浚在一起看書，心中不爽。吳氏想為睿珍尋找夫家，但道知卻想和睿珍成親。睿珍幫助許浚學醫，引起道知的嫉妒。
第19集
許浚邊采草藥邊學習醫書，因為數量較他人少受到道知的教訓，但大師和柳義泰反而誇贊許浚認真。許浚一家4口搬到新的住處開始新的生活，多喜鼓勵許浚要成為比道知更出名的醫員。具一書一夥上山打獵，發現野人，許浚誤打誤撞找到野人的屋子，在屋中發現很多醫書。正直的許浚被誤解收了患者的賄賂。
第20集
被誤解的許浚一人喝酒解悶，擔心的多喜一直在家門口等浚。許浚獨自一人上山尋找“野人”，終於在山頂上見到在打坐的他。許浚提出要跟他學習醫術，第二天再次來到屋前下跪請求，而下山時正巧被三和大師看見。道知向父母表明，自己喜歡的是睿珍，遭到母親的無情拒絕。
第121集
許浚為了編纂醫書暫時離開了皇宮，柳道知在看到懷孕的皇後娘娘身上起的膿瘡時大驚失色，這時金大人建議讓明朝的太醫來為皇後診治。
第122集
柳道知求金大人勸說皇帝讓他來為皇後診治，鹹安嫂對於恩妍突然開始討厭李謙的態度只有郁悶的份。從明朝回來的許浚告訴柳道知他懷疑皇後並不是懷孕。
第123集
許浚安慰皇後，只要接受偽胎的事實放寬心，以後隨時都可以懷孕的。具一書看到恩妍臉上的傷痕憤怒的去找了萬德。
第124集
名傑大人責怪許浚怠慢了光海君的病癥。許浚拒絕了加入朝中黨派之爭，並對柳道知說，自己有點不想當禦醫了。
第125集
許浚聽說光海君病情危重，急忙趕往東宮。名傑大人懷疑許浚為光海君準備的湯藥裏面有毒。萬德找到具一書，說只要許浚推薦，自己也可以成為內醫院醫官。
第126集
柳道知得知光海君病情加重後非常擔憂，許浚則堅持為光海君準備湯藥，並對金大人等人的計劃表示非常憤怒。蘇燕被脅迫向光海君的湯藥中下毒。
第127集
許浚為了知道到底是誰在脅迫蘇燕找到了白天秀，並在得知皇帝病重的消息後火速趕回宮中。金大人等人不顧許浚的反對強行進入了皇帝的房中。
第128集
皇帝表示要立永昌大君為世子，多喜發現孫氏的行動變得奇怪。許浚在聽了張成必大人和金龔良大人的話後非常憤怒。
第129集
柳道知雖然試圖勸說許浚，但許浚還是堅持承擔自己作為禦醫的責任。皇帝病危，卻沒能說完對光海君的遺言。許浚終於下定決心，去見了仁哲。
第130集
許浚問起小玉的身世，小玉說自己的父親曾經是醫官，後來因醫治敵軍戰士被冤枉致死，母親也去世。許浚十分同情這個小姑娘，讓她隨意翻看醫書。
第131集
雖然由於很多急癥病人來求助於剛被流放的許浚，但他的罪人之軀卻不能光明正大的為他人治病。
第132集
許浚感嘆恩玉做出的賢明對策。柳道知在內醫院看到許浚留下的編纂醫書材料，才感受到許浚留下的巨大空缺，決定將編纂醫書的材料送到許浚的流放地，交給許浚編纂結尾。而此時，許浚卻在見到來到自己面前的人大吃一驚。
第133集
許浚結束編輯醫書，在封面上寫下了東醫寶鑒的字樣，光海君在看到許浚題寫的書名，感慨萬分。此時，許浚在多喜處得知了孫氏病重的消息。
第134集
許浚病情加重，具一書來到因為戰勝疾病而變得熱鬧的村莊，而就在此時，許浚倒下了。
第135集(全劇終)
許浚看著日漸病重的孫氏，心情錯綜復雜。蘇燕告訴柳道知自己看到一名搗藥使令在湯藥房行動奇怪。而此時，很多病人擁進惠民所，稱東醫寶鑒的處方有問題。
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